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흔히들 낫도를 청국장의 일본식 이름이니 혹은 생청국장이니 하는데...
엄밀히 낫도는 일본고유의 콩 발효식품으로서 끓여서 먹는 우리나라의 청국장과는 제조 방법과 먹는 방법이 다릅니다.
다만 우리나라에는 낫도라는 식품군이 없어서 식품허가를 낫도와 청국장으로 구분하지 않고, 모두 청국장으로 허가, 제조가 되기 때문에 흔히들 청국장의 일본말이라고 하는 것 같습니다.

낫도는 콩을 발효한 식품으로서, 우리나라의 재래식 청국장에 비하면 냄새가 거의 없고, 또한 낫도에 들어있는 유익균(바실러스균 외)의 수도 훨씬 많습니다.

우리나라의 재래식 청국장이 일반적으로, 삶은 콩을 공기 중에 노출시킨 뒤 온돌방에서 담요를 씌우거나 고온 실내에서 단순 숙성시키다보니 바실러스균 외에 공기 중에 있는 많은 잡균(부패균)에 노출되어 발효가 되기 때문에, 심한 냄새와 일부 부폐성으로 저장성을 높이고자 소금이 가미되기 때문에, 우리 조상님들은 청국장을 국이나 찌개로 끓여 먹었는데, 요즈음에 와서는 생으로 먹는 게 훨씬 효과적이라고 해서 생으로 먹거나 가루로 해서 드시는 분이 많습니다. 그러면, 우리 조상님들은 왜 생으로 먹지 않았을까요? 몰라서 그럴 수 있다고 생각할 수 있지만 수백 년간 먹어온 음식을 지혜로운 우리 조상님들이 그것을 몰랐을까요?
이유는 그렇게 만들어진 청국장은 보관상 문제가 있고 생으로 먹을 경우 부작용이 있었기 때문 입니다.
그러나 끓여 먹게 되면 열에 약한 바실러스균 등은 대부분 죽고, 바실러스균의 포자만 먹는 경우가 됩니다.

하지만 낫도는 바실러스균만을 배양하여 만든 낫도 균만을 인공적으로 사용하여, 잘 관리된 무균실에서 발효를 시킴으로써, 냄새가 나지 않고 낫도키나아제 및 바실러스균이 빽빽히 살아 움직이는 콩 발효식품을 생으로 먹을 수 있기 때문에 좋습니다.

그러므로 시중에서 판매하는 것이 청국장 가루인지, 낫도(생청국장) 가루인지를 확인하고 먹어야 합니다. 청국장 가루는 잡균이 들어가므로 반드시 끓어서 먹어야 하고, 생청국장은 무균실에서 위생적으로 생산하므로 끓이지 않고, 그대로 먹기 때문에 좋습니다.

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