새정치민주연합 정성호 의원(경기 양주·동두천)이 국토교통부 및 수자원공사로부터 제출받은 자료를 분석한 결과 ‘4대강 16개 보 운영비가 ‘12년 187억원이었지만 매년 수십억원씩 증가하기 시작해 ’15년에는 305억원으로 편성되었으며, 특히 16개 보 유지보수비는 2년 만에 예산이 2배 증가하였다’고 주장했다.

정부는 4대강 살리기 사업을 통해 정비된 하천의 유지관리를 위해 2011년 5월 의원입법(김기현 의원)을 통해 국가하천 유지·보수 사무를 지자체로부터 국가로 이관하는 하천법을 개정 (2012.1.17.)하였다.
또한 2012년 4월 ‘국토해양부장관이 유지·보수하는 국가하천의 시설 및 구간 고시’를 통해 4대강 살리기 사업구간(경인아라뱃길 아라천 18.7km 포함)의 제방 및 저수로, 보, 저류지 및 홍보관 등은 국가에서 관리하는 것으로 고시하였고, 이중 보, 보 영향권 내 시설 및 저류지의 유지보수는 한국사자원공사에 위탁하는 것으로 결정하였다.

2012년 국토해양부(4대강살리기 추진본부)는 4대강 사업구간을 유지 관리하기 위하여 보 및 관련시설에 186.9억원, 제방·저수로 등 치수시설에 732.1억원, 둔치, 자전거길 등 친수시설에 449.4억원 등 총 1,368.4억원의 연간 유지관리비가 필요하다고 밝혔다.

국회예산처도 지난 2011년 16개 보의 연간 유지관리 비용은 185억원(2012년 기준)이라고 추산했으며, 이후 매년 5% 물가 상승률에 따른 비용이 증가할 것이라고 밝히기도 하였다.

그러나 국토부 자료에 의하면 16개 보 유지관리비 중 수공에 위탁 중인 보 운영비가 매년 증가하고 있는 것으로 나타났다. 
‘12년 16개 보의 운영비는 187억원이었지만, ‘13년 253억원으로 대폭 증액되었으며, ‘15년에는 305억원이 편성되었다. (’12년 대비 118억원 증액) 특히 유지 보수비는 ‘12년 75억원이었지만 ’14년에는 2배가 넘는 154억원이 편성되었으며, 인건비도 3년 만에 35억원 증액되는 등 당초 예측보다 16개 보 유지관리비 가 높아지고 있다.

‘14년 4대강 16개 보 운영비 중 ‘유지보수비’ 예산 편성 내역을 보면 ‘13년보다 부유물 수거처리 등 환경비용이 41억원, 조경유지관리 비용이 21억원, 수문 등 기전시설 점검정비 및 기타시설 유지보수 비용이 15억원이 증액된 것으로 확인되었다.

정성호 의원은 “정부는「하천법」을 개정하여 지자체가 관리하던 국가하천관리업무를 국가가 관리할 수 있도록 하는 등 4대강사업으로 인한 문제가 발생하지 않도록 하고 있으나, 보 운영비는 매년 증가하고, 녹조 발생으로 인해 수문을 개방하는 등 4대강 사업의 문제점이 하나둘씩 나타나고 있다” 며 “4대강 사업은 끝난 게 아니라 이제부터 시작인 것 같다”라며 주장했다.